미션 45가 시작되면 노란색 마커로 표시된 목표지점까지 달려가야 한다. 길목을 지키는 병사가 없으니 안심하고 달리자. 목표 지점에 도착하면 컷신이 나오면서 이야기가 진행된다.

미션 43은 연구 도중 사고로 ‘성대충’이 '마더베이스' 격리구역에 퍼지면서 이야기가 시작된다. 먼저 헬기에서 내리면 사진처럼 하얀색 통로가 보인다. 그곳으로 이동하자. 노란색 마커로 표시되는 만큼 쉽게 찾을 수 있다.

미션 41에서는 적 차량 3대를 파괴해야 한다. 참고로 3대 모두 같은 길로 지나가니 길목 한가운데 폭탄을 설치한 뒤 차량이 지나가는 순간 터뜨리면 손쉽게 미션을 완수할 수 있다. 미션 42는 29번과 같은 방법으로 진행하면 된다.

미션 38의 목표는 기밀문서가 담겨있는 필름통을 회수하는 것이다. 먼저 시작지점은 사진에서 보이는 장소로 선택하자. 관문 근처 적을 전부 처리해야 하는데, 주변을 지키는 병사들의 방어구가 상당히 좋은 편이다. 따라서 근접공격으로 사살하거나 주변 80m내 동료가 없을 때 총으로 처치해야 한다. 간략하게 정리하자면 1 대 1 상황을 유도해야 한다.

미션35에서는 ‘코드 토커’가 연구하던 이상한 물질이 들어있는 컨테이너 두 개를 회수해야 한다. 시작지점이 두 곳 인데 사진에 보이는 장소를 선택하자. 더불어 적을 잠재울 수면용 저격총을 챙기자.

미션 32는 ‘제로’와 협력 중인 세력에 대한 정보를 가진 CIA 요원을 구출하는 것이 목표다. 챕터 2부터는 스토리 없이 이전 미션과 동일한 방식에 적의 체력과 대미지만 올라간 메인 미션이 다수 등장한다. 본 공략에서는 진행 방법이 다른 메인 미션만 거론하겠다.

챕터2는 '일라이'가 붉은 머리의 '사이퍼'와 접촉하면서 이야기가 시작된다. 참고로 챕터 2는 메인 미션 3개로 구성되는데, 이 중 2개가 반복 미션이다. 반복 미션은 이전에 진행했던 미션과 공략 방법이 같으면서 적의 총기 대미지만 늘어난 것이다. 따라서 본 공략에서 반복 미션은 간략하게 언급만 하고 넘어가겠다.

미션 31은 폭주한 ‘사할란드로프(메탈기어)’를 파괴하는 것이다. 시작 전 장비를 준비할 시간을 주는데, ‘배틀 드레스’를 착용한 뒤 대전차 무기를 장착하자. 또한 동료로 ‘디 워커’나 ‘콰이어트’를 선택하자.

미션 30에서는 ‘에미릭’ 박스의 정보를 토대로 ‘스컬 페이스’를 만나야 한다. 저격총을 들고 가는 것을 추천한다. 노란색 마커로 이동하면 초소와 적들의 모습이 보인다. 초소에는 약 3명이 지키고 있는데, 길 오른쪽으로 붙어서 지나가면 전투가 발생하지 않는다.

미션 29는 미션 28과 연결된다. '코드 토커'와 함께 이동 중 적의 공격을 받아 헬기가 격추되는데, 추락한 곳이 공군기지 한가운데다. 따라서 '스네이크' 일행은 불시착과 함께 적 ‘사이퍼’들이 공격을 받게 된다. 이번 미션의 준비물은 플레이어의 순발력과 방어력을 올려주는 '배틀 드레스'라는 장비, 그리고 적을 공격할 대전차 무기다.

미션 28에서는 감염성 질병 치료의 실마리를 가진 연구자 ‘코드 토커’를 확보해야 한다. 보스전을 위해 저격총을 챙기자. 동료는 ‘콰이어트’를 데려가는 것이 좋다.

미션 27에서는 ‘마더베이스’ 내 감염자들을 치료하기 위해 연구자 ‘코드 토커’에 대한 정보를 가진 포로를 구출해야 한다. 포로는 시작 지점에서 약 100M 떨어진 초소에 잡혀 있다.

미션 26에서는 불법무기상인을 처치해야 한다. 꼭 필요한 무기가 있는 것은 아니니, 자신의 전투 스타일에 맞게 장비를 챙기면 된다.

미션 25는 소년병들에게 붙잡혀 있는 인질을 구출하는 내용이다. 이전과 마찬가지로 소년병을 죽이면 게임오버가 되니, 수면용 저격총이나 스턴건을 가지고 가자.

미션 24에도 소년병이 적으로 등장한다. 따라서 소년병에게 들키지 않고 납치된 포로를 구출해야 한다. 사진에 표시된 장소에서 시작하자.