삼국통일은 멀티 중심으로 만들어진 게임이기는 하지만 싱글의 시나리오 역시 상당히 짜임새 있다. 삼국을 통일하기 위한 고구려, 백제, 신라의 이익관계에 관련된 짜임새 있는 스토리가 서로 연관되어 있다. 싱글플레이에서도 삼국간의 이해관계에 얽힌 미션들이 등장하게 된다. 게이머는 싱글플레이를 즐기면서 서로 다른 국가에서 공격측에 섰다가 방어하는 측에도 서는 등 다양한 재미를 느낄 수 있도록 스토리가 구성되어 있다.