각기 다른 성격의 3 종족간 힘겨운 땅 따먹기 광활한 우주공간에 생명의 씨앗을 소유한 황새(?)들이 날아다니고 있었다. 이 생명의 씨앗을 생물이 살아가고 번창하기 좋은 행성으로 보내 문명을 이루어지도록 하는 것이 그들 황새의 임무이다. 어느날 각기 다른 세 개의 씨앗을 가지고 분주히 날아다니던 황새들이 잠시 시간을 내어 자신들만의 휴식처에 들어가게 되고 거기서 씨앗에 대해 이야기를 하게 되었다. 자신이 가진 씨앗이 더 좋은 종족이며 굉장한 문명으로 발전할 가능성이 있다는 주장을 서로 굽히지 않던 황새들은 한가지 제안을 하게 되었는데 다름 아닌 한 행성에 보내어 그들이 어떻게 발전하게 되는지 두고 보자는 것이었다. 이렇게 해서 세 종족은 휴식처에서 가장 가까운 행성으로 보내지는 운명에 처하게 되는데….
건설적인 아마존 종족, 평화를 사랑하는 피몬종족, 호전적인 사지키스 종족 이렇게 세 종족으로 구분되어 있는 에일리언 네이션은 세틀러와 같은 시뮬레이션과 전략의 복합장르이다.
오히려 전략시뮬레이션이라기보다 시뮬레이션에 가깝지만 싱글플레이와 멀티플레이가 지원되는 게임이며 각 캐릭터마다 맡은 역할이 존재한다.
줌인과 줌아웃이 가능해 자신이 건설한 도시를 한눈에 볼 수 있도록 하였고 마우스 하나만으로도 플레이 할 수 있도록 하였다.
특이한 것은 시민들이 행복하지 않다면 시민들 중에 반란자가 나타나 게이머의 도시를 공격한다는 점이며 건물도 재활용이 가능해 자신이 지은 건물을 파괴하고 다시 자원을 얻을 수 있다. 또한 시민들을 교육을 시켜 직업에 적합한 캐릭터로 변화하는 점이 게임의 재미를 높여준다.