타워 위자드는 방치형 클리커 게임에 도시 경영 게임의 매커니즘을 녹여냈다. 초반 플레이는 얻은 마력으로 학문을 올리고, 올린 학문을 통해 숲으로 나아가고, 숲을 확장해 마법사들의 마을을, 드래곤의 둥지를, 연금술사와의 협업을 도모하는 방식으로 점차 성장한다. 이후 하늘에 위치한 거대한 벽을 만나게 되면 플레이어는 이 하늘의 벽을 뚫고 더 높은 곳으로 향하기 위해 여태까지 준비한 재화와 모은 마법사들을 한곳으로 모아 벽을 부숴야 한다. 이 과정에서 스킬트리와 전투 중심의 개조, 보강 등 한층 더 넓어지는 시스템을 만나볼 수 있다.