2001년 말 디지몬 월드에 엄청난 힘을 지닌 이제까지 본적 없던 디지몬이 태어났다. 언제나 디지몬들은 이 알 수 없는 디지몬의 힘에 가까이 다가가게 되었고 그 디지몬은 알 수 없는 디지몬에게 순식간에 삭제되어 버린다. 그리고 얼마 지나지 않아 이 알 수 없는 디지몬은 실제 세상의 컴퓨터에까지 영향을 주게 된다.

알 수 없는 디지몬에 대항하기 위해 몇몇 디지몬이 모이기 시작했다. 이 레지스탕스는 총 4개의 차원에서 7 디지몬으로 구성되었다. 이제 이 수수께끼 같은 디지몬을 무찌르고 그의 알 수 없는 서번트에게서 실제 세상과 디지몬 월드를 구하기 위해 저항대가 출동한다.

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