파인딩 니모의 게임 방식은 프레임 바이 프레임 어드벤처로 화면 단위로 퍼즐을 풀고 줄거리를 이어나가는 방식을 취하고 있다. 게이머는 주변에 있는 모든 생물들과 대화를 거쳐서 화면상에서 주어지는 힌트와 아이템으로 주어지는 퍼즐을 풀고 그것으로부터 얻어지는 새로운 사실이나 아이템으로 또 다른 퍼즐을 푸는, 정통 어드벤처의 모습을 가지고 있다.