‘쿠키런 문질문질’은 캐릭터 콜렉션을 기반으로 한 퍼즐게임으로 같은 쿠키를 3개 이상 연결하는 방식으로 진행된다. 쿠키 캐릭터는 각각 특유의 스킬을 보유하고 있으며, 스킬 업그레이드로 강화시킬 수도 있다. 특정 조건 만족 시에는 콤보와 피버 모드 등도 발동하며, ‘자이로(회전)’ 기능과 셔플 버튼을 통해 쿠키들의 배치도 바꿀 수 있다.