미션 46번은 ‘스네이크’의 이야기를 다룬 마지막 미션이다. 이후 메인 미션은 스토리 없이 전투만 진행된다. 미션이 시작되면 수술실에서 누군가를 다급히 살려내는 모습이 보인다. 미션 진행 방법은 프롤로그와 동일한 관계로 간략히 설명하겠다.

미션 45가 시작되면 노란색 마커로 표시된 목표지점까지 달려가야 한다. 길목을 지키는 병사가 없으니 안심하고 달리자. 목표 지점에 도착하면 컷신이 나오면서 이야기가 진행된다.

미션 43은 연구 도중 사고로 ‘성대충’이 '마더베이스' 격리구역에 퍼지면서 이야기가 시작된다. 먼저 헬기에서 내리면 사진처럼 하얀색 통로가 보인다. 그곳으로 이동하자. 노란색 마커로 표시되는 만큼 쉽게 찾을 수 있다.

미션 41에서는 적 차량 3대를 파괴해야 한다. 참고로 3대 모두 같은 길로 지나가니 길목 한가운데 폭탄을 설치한 뒤 차량이 지나가는 순간 터뜨리면 손쉽게 미션을 완수할 수 있다. 미션 42는 29번과 같은 방법으로 진행하면 된다.

미션 38의 목표는 기밀문서가 담겨있는 필름통을 회수하는 것이다. 먼저 시작지점은 사진에서 보이는 장소로 선택하자. 관문 근처 적을 전부 처리해야 하는데, 주변을 지키는 병사들의 방어구가 상당히 좋은 편이다. 따라서 근접공격으로 사살하거나 주변 80m내 동료가 없을 때 총으로 처치해야 한다. 간략하게 정리하자면 1 대 1 상황을 유도해야 한다.

미션35에서는 ‘코드 토커’가 연구하던 이상한 물질이 들어있는 컨테이너 두 개를 회수해야 한다. 시작지점이 두 곳 인데 사진에 보이는 장소를 선택하자. 더불어 적을 잠재울 수면용 저격총을 챙기자.

미션 32는 ‘제로’와 협력 중인 세력에 대한 정보를 가진 CIA 요원을 구출하는 것이 목표다. 챕터 2부터는 스토리 없이 이전 미션과 동일한 방식에 적의 체력과 대미지만 올라간 메인 미션이 다수 등장한다. 본 공략에서는 진행 방법이 다른 메인 미션만 거론하겠다.

챕터2는 '일라이'가 붉은 머리의 '사이퍼'와 접촉하면서 이야기가 시작된다. 참고로 챕터 2는 메인 미션 3개로 구성되는데, 이 중 2개가 반복 미션이다. 반복 미션은 이전에 진행했던 미션과 공략 방법이 같으면서 적의 총기 대미지만 늘어난 것이다. 따라서 본 공략에서 반복 미션은 간략하게 언급만 하고 넘어가겠다.

미션 31은 폭주한 ‘사할란드로프(메탈기어)’를 파괴하는 것이다. 시작 전 장비를 준비할 시간을 주는데, ‘배틀 드레스’를 착용한 뒤 대전차 무기를 장착하자. 또한 동료로 ‘디 워커’나 ‘콰이어트’를 선택하자.

미션 30에서는 ‘에미릭’ 박스의 정보를 토대로 ‘스컬 페이스’를 만나야 한다. 저격총을 들고 가는 것을 추천한다. 노란색 마커로 이동하면 초소와 적들의 모습이 보인다. 초소에는 약 3명이 지키고 있는데, 길 오른쪽으로 붙어서 지나가면 전투가 발생하지 않는다.