챕터2는 '일라이'가 붉은 머리의 '사이퍼'와 접촉하면서 이야기가 시작된다. 참고로 챕터 2는 메인 미션 3개로 구성되는데, 이 중 2개가 반복 미션이다. 반복 미션은 이전에 진행했던 미션과 공략 방법이 같으면서 적의 총기 대미지만 늘어난 것이다. 따라서 본 공략에서 반복 미션은 간략하게 언급만 하고 넘어가겠다.

미션 31은 폭주한 ‘사할란드로프(메탈기어)’를 파괴하는 것이다. 시작 전 장비를 준비할 시간을 주는데, ‘배틀 드레스’를 착용한 뒤 대전차 무기를 장착하자. 또한 동료로 ‘디 워커’나 ‘콰이어트’를 선택하자.

미션 30에서는 ‘에미릭’ 박스의 정보를 토대로 ‘스컬 페이스’를 만나야 한다. 저격총을 들고 가는 것을 추천한다. 노란색 마커로 이동하면 초소와 적들의 모습이 보인다. 초소에는 약 3명이 지키고 있는데, 길 오른쪽으로 붙어서 지나가면 전투가 발생하지 않는다.

미션 29는 미션 28과 연결된다. '코드 토커'와 함께 이동 중 적의 공격을 받아 헬기가 격추되는데, 추락한 곳이 공군기지 한가운데다. 따라서 '스네이크' 일행은 불시착과 함께 적 ‘사이퍼’들이 공격을 받게 된다. 이번 미션의 준비물은 플레이어의 순발력과 방어력을 올려주는 '배틀 드레스'라는 장비, 그리고 적을 공격할 대전차 무기다.

미션 28에서는 감염성 질병 치료의 실마리를 가진 연구자 ‘코드 토커’를 확보해야 한다. 보스전을 위해 저격총을 챙기자. 동료는 ‘콰이어트’를 데려가는 것이 좋다.

미션 27에서는 ‘마더베이스’ 내 감염자들을 치료하기 위해 연구자 ‘코드 토커’에 대한 정보를 가진 포로를 구출해야 한다. 포로는 시작 지점에서 약 100M 떨어진 초소에 잡혀 있다.

미션 26에서는 불법무기상인을 처치해야 한다. 꼭 필요한 무기가 있는 것은 아니니, 자신의 전투 스타일에 맞게 장비를 챙기면 된다.

미션 25는 소년병들에게 붙잡혀 있는 인질을 구출하는 내용이다. 이전과 마찬가지로 소년병을 죽이면 게임오버가 되니, 수면용 저격총이나 스턴건을 가지고 가자.

미션 24에도 소년병이 적으로 등장한다. 따라서 소년병에게 들키지 않고 납치된 포로를 구출해야 한다. 사진에 표시된 장소에서 시작하자.

‘팬텀 페인’에서는 소년병을 죽이면 게임오버가 된다. 이 소년병이 미션 23에서 적으로 등장하는데, 이들을 죽이지 않고 우두머리를 포획하는 것이 핵심이다. 사진에 보이는 장소를 선택해 미션을 시작하자.