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게임을 시작하면 위와 같이 메뉴가 표시된다. 위에서부터 순서대로 [처음부터], [이어하기], [삭제하기], [링크배틀]이다. 삭제하기는 세이브 파일을 지우고 싶을 때 사용하고 링크 배틀은 게임기를 여러 대 연결해서 친구 등과 플레이 할 때 사용하는 메뉴이다.

최초로 실행시켰을 때에는 [처음부터]만 선택할 수 있으니 선택하자.

나루토의 간략한 줄거리가 써진다. 불의나라의 나뭇잎마을에서 시작되는 이야기. 나루토는 하급 닌자 시험에 합격해 하급 닌자가 되었다. 그리고 임무를 위해 나누어진 분반에 나루토, 사스케, 사쿠라 3명이 7반이 되었고 반을 이끌게 될 상급 닌자를 기다리고 있다.

만화에서는 상급 닌자인 카카시 선생님을 교실에서 기다렸지만 게임상에서는 숲에서 기다리고 있는 일행들. 원작과 동일하게 진행된다. 나루토가 카카시 선생을 골려 주려고 함정까지 준비하는 장면도 나온다.

조금 이야기하다 보면 카카시 선생이 질문을 해온다. 좋아하는 것은?

이치라쿠 라면(이치라쿠는 나루토 마을의 라면 집 이름이다)

사쿠라

여기에서 1번 라면을 고르자.

두 번째 질문을 해온다. 싫어하는 것은?

라면이 나올 때까지의 시간

사스케

이번에도 1번을 고르자. 이렇게 선택한 이유는 캐릭터 간의 궁합 관계 때문이다. 라면을 골라야 사스케, 사쿠라 2명과의 궁합이 오르고 다른 것을 선택하면 오르지 않기 때문에 라면에 관련된 것을 선택하는 것이 좋다.

원작과 같이 12시까지 카카시에게서 방울 2개를 빼앗으라는 이야기를 한다. 설쳐대는 나루토의 뒤를 잡으면서 기세를 꺾는 카카시 선생.

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