고향 ‘키미카게지마’로 돌아온 주인공 히무라 카즈키는 예전에 알고 지내던 소녀들이 다니는 히메유리 학원에 편입하게 된다.

새로운 학원생활이 시작되자, 카즈키는 여러 가지 ‘비밀’을 탐구하는 활동, ‘비밀탐구 클럽’ 줄여서 ‘비탐’에 강제로 참가하게 되었다.

그것을 따라서 카즈키와 인연 있는 소녀들도 참가, 탐구의 날들은 뜻밖의 방향으로 진행되어간다.

그러던 중, 카즈키는 학원에 존재하는 비밀 ‘은방울꽃’과 만나게 된다. 눈앞에 펼쳐진 신록의 초원. 그날 이래 피지 않게 된 그 꽃은, 지금은 풀이 되었다고 들었다. 그리고 학원에는 하나의 전설이 전해지고 있었다. ‘은방울꽃에 강한 염원을 올리면 꽃이 피고, 그것을 본 소녀는 그 소원을 이루게 된다’는. 은방울꽃에 소원을 빈 5명의 소녀들. 그녀들과 만나게 됐을 때, 그의 멈춘 시간이 움직이기 시작한다.