웰컴 투 마스 9는 우주를 표류하다 화성 궤도를 도는 우주 정거장에 의해 구조된 주인공 리버의 시점에서 진행되는 게임이다. 고전 어드벤처게임을 연상시키는 픽셀(도트) 그래픽으로 묘사된 우주 정거장의 곳곳을 사이드뷰 시점으로 돌아다니며 탐험할 수 있는데, 겉보기로는 굉장히 호화롭고 안락한 곳처럼 보인다. 그러나, 이 우주 정거장에는 어두운 비밀이 숨겨져 있다. 주인공은 우주 정거장의 곳곳을 탐색하는 과정 중에 감춰져 있는 사악한 진실을 마주하고, 각 순간마다 선택을 내려야 한다